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歷經23年，政府組織改造終於初步上路，目前已經將37個部會，整併成32個，最終目標是29個部會，但在改造過程中，出現一些怪現象，甚至引發許多利益團體角力戰，像牙醫界力推成立"口腔司"，被質疑浪費資源，為何不成立"耳朵司"，還有營建署下水道工程處，將移到環資部，該處人員積極運作，透過立委提案升格為「下水道署」，被批「成立一個署專蓋下水道，簡直是笑話！」